Dej
"Srdce rozumie, srdce nikdy neklame."
1. dejtsvo
Madame Giry sa v noci sama prechádza po opustenom móle a spomína na zábavný park Phantasma, bývalé "Mesto zázrakov" na Coney Islande. Z tmy sa objaví duch slečny Fleckovej, umelkyne, ktorá kedysi pracovala s madame Giry v parku. Keď slečna Flecková nalieha na madame Giry, aby si spomenula na "staré dobré časy" a obviňuje ju z toho, čo sa stalo, publikum sa náhle prenesie späť v čase, pretože staré, ošúchané billboardy sú obnovené a svetlá Phantasmy opäť zasvietené.
Presunuli sme sa na Coney Island v čase desať rokov po udalostiach v parížskej opere a dejiskom je Phantasma na Coney Islande v New Yorku. Objavujú sa vzrušení dovolenkári, ktorí sú ohromení všetkým, čo Phantasma ponúka. Špekulujú o samotárskom maskovanom majiteľovi a tvorcovi parku, bohatom magnátovi, ktorý je známy len ako pán Y a nosí masku.
Meg Giry, priateľka Christine Daaé z Opery, ktorú v mladosti Fantóm o niečo viac fascinoval ako desil, je teraz hlavnou burlesknou umelkyňou vo Phantasme. Madame Giry, jej matka a bývalá baletná učiteľka v opere je teraz obchodnou manažérkou a choreografkou predstavení. Meg a jej matka túžia získať priazeň svojho zamestnávateľa, aby si zabezpečili budúcnosť. Keď sa Meg pripravuje na vystúpenie ako "Ooh La La Girl", uvažuje, či ho to poteší.
V tmavom, súkromnom brlohu vo veži vysoko nad zábavným parkom, Fantóm (teraz odhalený ako majiteľ a hlavný mozog) interaguje s figurínou, ktorá sa podobá Christine. Napriek rokom, ktoré ubehli a mnohým úspechom, Fantóm stále túži po tom, aby sa s ňou opäť stretol a aby ju opäť počul spievať. Prichádza Meg a tlačí na Fantóma, aby získala spätnú väzbu o svojom výkone, ale jeho myšlienky na Christine ho rozptyľujú a Meg odmietne ako nepríjemnú. Madame Giry je podráždená, pretože Fantóm stále myslí len na Christine po tom všetkom, čo pre neho ona a Meg za tie roky urobili. Madame Giry rozpráva, ako mu spolu s Meg pomohli ujsť z Paríža na loď odchádzajúcu z Calais, na ktorej utiekli do Ameriky. Ignorujúc ju, Fantóm zavolá slečnu Fleckovú, ktorá sa objaví s ďalšími dvoma umelcami, Dr. Ganglom a Mr. Squelchom. Fantóm ich prinúti poslať Christine list, v ktorom ju pozýva, aby prišla a vystúpila vo Phantasme.
O tri mesiace neskôr prichádza Christine so svojím, teraz manželom, Raoulom a ich synom Gustavom do New Yorku, kde ich v prístave vítajú davy fotografov a novinárov. Poznámky od divákov naznačujú, že Christine už nejaký čas nevystupuje a Raoul stratil veľkú časť svojho majetku kvôli pitiu a záľube v hazardných hrách. Fantómova trojica strašidelných umelcov prichádza na zvláštnom koči ťahanom "duchovým" koňom a odvážajú Christine a jej rodinu na Coney Island.
V ich izbách Raoul vyjadruje znechutenie z toho, že ich hostiteľ poslal cirkusových šialencov, aby ich prijali. Nahnevá Gustava tým, že sa s ním odmietne hrať a vyrúti sa von, aby našiel bar, pričom nechal Christine, aby Gustavovi vysvetlila, že jeho otec ho má rád rovnako ako ona. Keď Gustave ide spať, vstúpi Fantóm a prezradí ohromenej Christine, že to bol on, kto ju zavolal, aby spievala na Phantasme. Spočiatku pobúrená Christine nakoniec podľahne spomienke na tajnú noc, ktorú obaja prežívali predtým, ako sa vydala. Keď si spomínajú na svoju jednu noc vášne, vyšlo najavo, že Christine bola pripravená opustiť Raoula pre Fantóma, ale ráno sa zobudila a zistila, že je sama. Fantóm vysvetľuje, že utiekol zo strachu, že ho znova odmietne, keby uvidela jeho tvár v rannom svetle. Obaja pripúšťajú, že si kedysi mysleli, že ich láska má šancu, no okolnosti súčasnosti to znemožňujú. Vyruší ich výkrik Gustava, ktorý sa prebudí z nočnej mory a vrúti sa do izby. Christine predstaví Fantóma ako starého priateľa menom pán Y a on sľúbi, že na druhý deň prevedie chlapca po Phantasme.
V skúšobnom štúdiu vo Phantasme sa Meg nečakane stretne s Christine, ktorá ju prekvapí správou, že ju tam pozvali spievať. Podobne sa Raoul stretne s Madame Giry a zistí, že to bol Fantóm, ktorý ich pozval na ostrov Coney.
Neskôr Fantómovo trio vezme Gustava na stretnutie s Fantómom do jeho veže, kde je chlapec očarený množstvom kurióznych vynálezov a výtvorov. Keď Gustave zahrá na klavíri strašidelnú melódiu vlastnej skladby, Fantómovi sa opäť pripomenie jeho jedna noc s Christine a napadne ho možnosť, že toto dieťa by v skutočnosti mohlo byť jeho synom. Fantóm sa pýta Gustava na jeho talenty a vášne, pričom zisťuje, že sú spriaznené duše. Veriac, že Gustave bude schopný vidieť cez povrch na to, čo je vo vnútri, je Fantóm povzbudený, aby odstránil masku, ktorá skrýva jeho deformovanú tvár. Na jeho zdesenie je Gustave vystrašený a kričí, no Christine vstúpi práve včas, aby chlapca upokojila. Keď ju Fantóm konfrontuje so svojimi podozreniami týkajúcimi sa Gustavovho otcovstva, Christine prizná, že dieťa je skutočne jeho synom, čím Fantóma prinúti sľúbiť, že všetka jeho celoživotná práca bude odteraz pre Gustava. Bez toho, aby o tom vedeli, Madame Giry si vypočula ich rozhovor a je rozzúrená, pretože sa obáva, že všetko, čo ona a Meg za tie roky urobili pre Fantóma, bolo zbytočné.

2. dejstvo
Opitý Raoul sedí sám v prázdnom bare a uvažuje o svojom vzťahu s Christine a o tom, prečo s ním ešte je. Meg vstúpi a varuje ho, že New York nie je vhodné miesto pre jeho rodinu, a nalieha na neho, aby v tú noc odišli. Raoul to odmieta s odvolaním sa na ich potrebu peňazí; chváli sa, že sa Fantóma nebojí, nevie, že jeho rival medzitým vkĺzol a nahradil barmana za pultom. Keď Meg odíde, Fantóm konfrontuje Raoula a zastrašuje ho zastretými poznámkami, ktoré ho prinútia spochybňovať jeho otcovstvo Gustava. Fantóm tiež ponúka Raoulovi dohodu: ak Christine dnes večer nevystúpi, Fantóm zaplatí všetky ich dlhy a umožní im spolu odísť, ale ak zaspieva áriu, ktorú pre ňu napísal, Raoul sa musí vrátiť do Francúzska sám. Raoul akceptuje Fantómovu odvahu a potom zažije chvíľu paniky z rozhodnutia, ktoré urobil.
Na pláži si ľudia užívajú posledný deň letnej sezóny. Teplovzdušný balón pristáva a nesie Fantómovo trio, ktoré oznamuje večerný program.
V tú noc Meg predvádza komediálnu burlesknú rutinu o výbere plaveckého kostýmu. Po jej vystúpení Madame Giry informuje svoju dcéru, že Fantóm tam nebol, aby sa pozrel na jej vystúpenie, a že všetko bolo zbytočné.
V Christininej šatni Raoul prosí Christine, aby prehodnotila svoje rozhodnutie spievať, a požiada ju, aby s ním okamžite odišla, ak ho stále miluje. Keď Raoul odíde, aby premýšľala, vstúpi Fantóm a povie Christine, že Raoul vie, že jeho láska nestačí a žiada ju, aby mu ešte raz zaspievala. Keď odchádza, Christine si spomína na osudnú noc v parížskej opere, keď musela urobiť ťažké rozhodnutie medzi úctyhodným a pohodlným životom, ktorý ponúka Raoul, a vášnivým náporom Fantóma a jeho hudby.
V zákulisí, Raoul, Fantóm a Madame Giry každý napäto čaká, či Christine utečie alebo zaspieva, zatiaľ čo Meg zabáva Gustava.
Inžinier zavolá "opona" a Christine zaujme svoje miesto na pódiu. Orchester začne hrať a po chvíli bolestivej nerozhodnosti Christine podľahne hudbe Fantóma a zaspieva jeho áriu pre uznanlivý dav. Jej vystúpenie z krídel sledujú Fantóm a Raoul, kým Raoul rezignuje na jej rozhodnutie, a odchádza.
Po vystúpení sa Fantóm pripojí k ohromenej Christine v jej šatni a obaja sa podelia o úžasný moment. Christine nájde list od Raoula, o jeho odchode a začne panikáriť, keď si uvedomí, že Gustave chýba. Fantóm najprv predpokladá, že Raoul vzal chlapca, ale slečna Flecková prezradí, že predtým prešla cez Meginu šatňu a videla rozbité zrkadlo a Meg, odchádzajúcu s malou postavou. Znepokojená madame Giry oznámi, že vie, kam pravdepodobne išli.
Na opustenom móle Fantóm, Christine a Madame Giry nájdu rozrušenú Meg, ktorá sa zdanlivo chystá utopiť Gustava v oceáne. Meg máva pištoľou, aby jej Fantóm konečne venoval pozornosť, keď opisuje, kam až za tie roky zašli, aby zabezpečili úspech Phantasmy. Fantóm sa ospravedlňuje za to, že skutočne nevidel Meg a jej prispenie, ale keď bezmyšlienkovite spomenie Christine, Meg sa rozzúri a omylom vystrelí z pištole a strela zasiahne Christine. Fantóm sa ponáhľa ku Christine a nariadi madame Giry, aby išla po pomoc, zatiaľ čo sa Meg s ohromením a hrôzou prizerá tomu, čo urobila. Christine prezradí Gustavovi, že Fantóm je jeho skutočným otcom a povie Fantómovi, že jej láska k nemu nikdy nezomrie. Fantóm a Christine zdieľajú posledný bozk a ona zomiera v jeho náručí. Fantóm sa pohybuje, aby utešil Gustava, ktorý mu bez strachu dáva dole masku.