Dej

Prológ 

Odohráva sa v roku 1905 po udalostiach s Fantómom opery, na javisku Opery Populaire, kde sa koná dražba rôznych predmetov, ktoré boli súčasťou opier. Vydražil sa napríklad plagát alebo hracia skrinka, ktorá sa našla v podzemí pod operou, a ktorú získal Raoul, Vikomte de Chagny. Asi najzaujímavejším prvkom dražby je luster, ktorý bol nanovo zložený po udalostiach s Fantómom opery.  Na oslavu toho, že je opäť funkčný, ho zasvietia a dúfajú, že duch z minulosti bude svetlom konečne vyhnaný.

1. dejstvo:

Opäť sa ocitáme na javisku Opery Populaire, tentokrát v roku 1881. Na javisku sa skúša opera Hannibal, pričom hlavnú úlohu hrá Carlotta Giudicelli a Ubaldo Piangi. Na javisko po skúške prichádza riaditeľ opery, ktorý oznamuje, že ide do dôchodku a predstavuje riaditeľov, ktorí ju ponovom vlastnia - monsieur Firmina a Andrého. Monsieur André požiadal Carlottu o súkromnú ukážku spevu, ktorá sa skončí pádom kulisy a všeobecným strachom, keď jedna z baletiek, Meg Giry, tvrdí, že ide o Fantóma opery. Monsieur André však hovorí, že takého veci sa stávajú, avšak Carlotta mu nahnevane odpovie, že tieto veci sa neustále dejú už posledné tri roky a nikto s tým nič nespravil. Nato následne odíde aj s Piangim. Bývalý riaditeľ necháva celú operu na starosti novým riaditeľom. RIaditeľom následne madame Giry objasňuje podmienky, ktoré im vystavil "duch opery". Víta ich v jeho opere a žiada ich, aby nechávali lóžu číslo 5 voľnú. Zároveň ich prosí o pravidelnú mzdu. Monsieur André sa pýta, kto je náhradníčkou na úlohu Elisy, ale monsieur Reyer mu odpovedá, že nikto. Meg Giry zrazu povie, že by to mohla zaspievať Christine Daaé. Majitelia pochybujú, keďže je baletkou, ale madame Giry ich presvedčí, aby ju nechali spievať. Christine teda spieva a dostane túto úlohu. Po predstavení ju madame Giry pochváli a ostatné baletky idú trénovať. Christine počuje hlas, ktorý jej blahoželá k úspechu. Meg sa jej pýta kto je jej nový učiteľ a Christine jej hovorí, že je to "Anjel hudby", ktorého jej zoslal jej otec z neba. Ich rozhovor ukončí madame Giry, ktorá prináša Christine list, pričom Christine nevie od koho je. Do Christininej šatne prichádza Raoul, Vikomt de Chagny a zároveň patrón opery. Christine si čoskoro spomenie, že ho pozná z detstva a sú veľmi šťastní, že sa po dlhej dobe vidia. Spomínajú si na detstvo a Christine rozpráva Raoulovi o "Anjelovi hudby". Raoul jej neverí a chce, aby s ním išla na večeru, ale Christine odmieta. Raoul jej povie, že sa za chvíľu vráti a odíde. 

Fantóm sa zrazu ozve a hovorí Christine, že tento jej nový "ctiteľ" si iba užíva jej slávu. Christine sa mu ospravedlňuje a chce, aby sa jej ukázal. On jej povie, aby sa pozrela do zrkadla a tam ho uvidí. Zrazu sa zrkadlo otvorí a Christine odchádza s Fantómom do podzemia opery. Fantóm sa ju pokúša presvedčiť, aby spievala jeho hudbu, a že ona je jediná, ktorá dokáže dať jeho hudbe život. Potom jej ale ukáže figurínu nej samotnej v svadobných šatách a Christine omdlie. Fantóm ju položí na loďku, ktorou priplávali a zakryje ju svojím plášťom. Christine sa neskôr zobudí a spomína si na hmlu, jazero, sviečky a muža v loďke. Potom si všimne Fantóma, ktorý je príliš zaneprázdnený na to, aby si všimol ju. Z čírej zvedavosti mu strhne masku, pod ktorou sa skrýva zohavená Fantómova tvár. Bojí sa na Fantóma čo i len pozrieť a Fantóm sa jej pýta, či je to to čo túžila vidieť a tvrdí jej, že celý život sníva o kráse a láske, ktorú nikdy nepoznal. Odvracia sa od nej, ale Christine mu napokon vracia masku. Akonáhle si ju nasadí, Fantóm ju vezme späť na zem. Baletky v opere zatiaľ straší ich kulisár Joseph Buquet, ktorý im opisuje Fantóma. Madame Giry ho ale varuje, aby radšej mlčal, lebo neskončí dobre.

Riaditelia opery sa vyrovnávajú s tým, že im zmizla ďalšia hlavná herečka, pričom obaja dostanú listy od Fantóma, v ktorých im opäť diktuje podmienky. Prichádza Raoul, ktorý taktiež dostal list a myslí si, že je od nich. Riaditelia mu ale povedia, že oni ho nepísali a Raoul sa teda pýta kto ho napísal. Objavuje sa Carlotta a Piangi, a ako sa ukazuje, aj Carlotta dostala list, ktorý ju urazil. Myslí si, že ho napísal Raoul, ale on to nebol. Následne prichádza madame Giry a Meg. Firmin prečíta list, ktorý doniesla. Chce, aby obsadili Christine do hlavnej úlohy ďalšej opery. Carlotta sa hnevá na riaditeľov. Nakoniec sa im ju ale podarí presvedčiť s tým, že jej dajú hlavnú úlohu.  

Na javisku sa hrá ďalšia opera, ale Fantóm ju preruší, keď zistí, že jeho lóža nie je prázdna. Carlotta následne pokračuje v speve, ale stratí hlas. Aby opera plynule pokračovala, Firmin hovorí, že čas sa vyplní baletom, a, že hlavnú úlohu bude hrať Christine. Baletky tancujú, ale sú prerušené obesením Josepha Buqueta, ktorého telo visí nad javiskom. Christine je vydesená a uteká aj s Raoulom na strechu. Tam mu vysvetľuje, že to všetko nebol iba sen a je veľmi vystrašená. Raoul sa ju snaží ukľudniť a sľubuje jej, že tam pre ňu bude. Vyznávajú si lásku a potom sa spolu vracajú dovnútra. Fantóm, ktorý celý ich rozhovor počul, teraz Christine vyčíta, že ho zradila a ublížila mu. Je nahnevaný a nechá spadnúť luster na javisko.

2. dejstvo 

Nachádzame sa na maškarnom plese o pol roka neskôr. Všetci si užívajú to, že Fantóm sa dlho neukázal, a že nespadol žiaden ďalší luster. Christine chce, aby sa s Raoulom tajne zasnúbili. Raoul nechápe prečo to Christine chce držať v tajnosti, ale ona ho žiada, aby sa s ňou nehádal. Ples preruší Fantóm, ktorý príde a dáva riaditeľom novú operu, ktorú sám napísal - Don Juan Triumphant. Fantóm Christine hovorí, že stále patrí jemu, a, že preňho bude spievať. Všetci hostia v strachu utekajú a zostane tam iba Raoul a madame Giry. Raoul sa od nej dozvedá niečo o Fantómovom živote. 

Riaditelia zatiaľ premýšľajú nad Fantómovými podmienkami, ale sú ochotní urobiť čokoľvek, len aby im opäť nespadol luster. Prichádza Carlotta, ktorá je nespokojná so svojou úlohou. Christine a Raoul sa k nim pridávajú a Christine zisťuje, že má najväčšiu úlohu v celej opere. Carlotta sa s ňou poháda a tvrdí, že Christine je príčinou toho všetkého. Christine jej ale vraví, že ona za nič nemôže a nechce s tým mať nič spoločné. Raoul jej hovorí, že nič spievať nemusí, ak to nechce. Prichádza madame Giry, ktorá im číta list od Fantóma, kde sú ďalšie podmienky, ktoré musia splniť. Raoul má plán, ako Fantóma poraziť a chytiť. Christine ani madame Giry s ním nesúhlasia. Carlotta opäť začne kričať na Christine, ktorá zakričí, že ak okamžite neprestanú, príde z toho o rozum. Je vystrašená a prosí Raoula, aby ju ušetril tejto povinnosti. Ten ale neustupuje. 

Nácviky na novú operu sú v plnom prúde, pričom sa strhne hádka. Náhle prestane, pretože klavír začne sám od seba hrať. Všetci odchádzajú a Christine mieri na cintorín ku hrobu svojho otca. Veľmi by chcela, aby bol opäť pri nej, a žiada ho, aby jej pomohol povedať mu zbohom. Na cintoríne sa objavuje Fantóm, pričom Christine sa ho pýta, kým je: anjelom, otcom, priateľom či Fantómom. Fantóm sa jej pýta, či zabudla na svojho "Anjela" a prichádza Raoul. Raoul nechce, aby Christine išla za Fantómom. Podarí sa mu ju vyslobodiť a utekajú preč. Fantóm im obom vyhlasuje vojnu. 

V opere sa pripravuje polícia na Fantómovo zatknutie. Fantóm sa opäť ozýva, že je vnútri s nimi a chce, aby začala jeho opera. Po zbore s Carlottou prichádza Piangi ako Don Juan, ktorý odchádza do zákulisia. Prichádza Christine ako Aminta, ku ktorej sa pridáva Fantóm, zamaskovaný tak, že nikto nevie, že je to on. Spievajú spolu duet, na konci ktorého Christine odhalí všetkým, že je to Fantóm. Na javisku sú teraz policajti, ktorí ich obkľúčili. Fantóm navlieka Christine na prst prsteň, ale ona mu dáva dole masku a parochňu a ukazuje všetkým jeho zohavenie. S výkrikom ju berie so sebou do podzemia. V zákulisí nájdu obeseného Piangiho a madame Giry berie v tom zmätku Raoula so sebou do podzemia. Fantóm ťahá Christine so sebou k nemu dole a pýta sa jej, prečo si myslí, že sa musel skrývať. Hovorí jej, že to bolo všetko kvôli jeho tvári. Raoul ide s madame Giry, ktorá s ním ale nejde ďalej, ako k jazeru, takže pokračuje sám.

Christine je s Fantómom v podzemí, má na sebe svadobné šaty a Fantóm nesie v rukách závoj. Christine je naňho nahnevaná a Fantóm jej rozpráva o svojej tvári a o matkinej nenávisti. Dáva Christine na hlavu závoj a chce od nej, aby sa zmierila s tým, že do konca života bude vidieť iba jeho zohavenú tvár. Christine mu hovorí, že jeho tváre sa už nebojí, že strach jej naháňa už len jeho duša. Prichádza Raoul, ktorý od Fantóma žiada, aby pustil Christine, ale Christine mu hovorí, že je to bezúčelné. Napokon ich nechá, aby sa spolu porozprávali, Raoul hľadá Fantóma, ale Fantóm ho zavesí na lano, ktorým ho chce obesiť. Fantóm od Christine žiada, aby sa s ním oženila a tým získala pre Raoula slobodu. Christine mu prezrádza, že ho nenávidí a dáva mu zbohom. Beží k Raoulovi, ktorý od nej žiada, aby si kvôli nemu neskazila život. Obaja jej hovoria, že akúkoľvek cestu si zvolí, nemôže vyhrať. Christine sa otočí ku Fantómovi a hovorí mu, že ju zradil, a, že mu slepo dala svoju myseľ. Fantóm sa nahnevá a chce od nej, aby vykonala svoju voľbu. Christine ho ľutuje a hovorí, že Boh jej dá silu ukázať mu, že nie je sám. Následne ho pobozká, až kým to Fantóm nepreruší. Odchádza od nej a približuje sa k Raoulovi so zapálenou sviečkou, ktorou zničí lano, na ktorom visel. Žiada od Raoula, aby zobral Christine so sebou a aby naňho zabudli. Obaja odchádzajú a Fantóm kričí, aby ho všetci nechali na pokoji. Hracia skrinka hrá a Fantóm spieva časť skladby "Masquerade". Otočí sa a uvidí Christine, ktorá sa vrátila. Podáva mu prsteň, ktorý jej dal. Hovorí jej, že ju miluje a ona s plačom odchádza spolu s Raoulom. Fantóm naposledy spieva o tom, že Christine bola jediná, ktorá by mohla nechať jeho hudbu žiť, a, že jeho hudba už neznie ďalej. Sadá si do kresla a prikrýva sa plášťom. Na javisko prichádza Meg, ktorá dá preč Fantómov plášť, ale po Fantómovi niet ani stopy. Zostala po ňom iba jeho maska, ktorú Meg v posledných tónoch ukazuje publiku.